“菌落”从字面上来说就是细菌在固体培养基上生长繁殖而形成的能被肉眼识别的生长物，这种菌落的总数可以用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，使用菌落计数分析仪可以直接反映出食品在生产过程中是否符合卫生要求，以便对被检样品做出适当的卫生学评价。
菌落计数分析仪在食品安全评估中有着重要的作用，当食品监督管理机构在发布不合格食品信息时，常常用到菌落总数超标、大肠菌群超标、检出致病菌这样的词语。细菌超标会对食品安全带来哪些影响？对人体健康有什么样的危害？食品的菌落总数严重超标，说明其产品的卫生状况达不到基本的卫生要求，将会破坏食品的营养成分，加速食品的腐败变质，使食品失去食用价值。消费者食用微生物超标严重的食品，很容易患痢疾等肠道疾病，可能引起呕吐、腹泻等症状，危害人体健康安全。
分析食源性危害，确定食品安全性保护水平，采取风险管理措施，使消费者食品在食品安全性风险方面处于可接受的水平，这就是风险分析在食品安全性管理中的作用。科学、准确地对菌落总数的安全性进行评价与风险性进行评估，制定菌落总数的食品安全标准，是确保食品安全、维护消费者与企业利益的基础，是当务之急。但这都应在政府的管理与协调下进行，这同样需要专家们的攻关与努力，而同时必需在相关企业的密切配合与各种支持下进行。