藻类分类计数仪是根据“水环境监测规范”和“近海污染生态调查和生物监测规范”所建立的“藻类分类图谱专家系统”。系统覆盖了中国七大水系、28个重点湖库的常见淡水藻，以及东海、黄海、渤海、南海周边的海洋藻。以精细、直观、实用的原则，对浮游藻简介进行重点编辑、分栏介绍，突显不同门类浮游植物的特点，使得 形态、结构、生殖、生态 一目了然。

相似性检索

“多维渐进相似藻检索”实现了电脑对图像的自动识别与分割，能够从多维空间角度缜密抓取藻类细胞影像，通过形态相似性与生物相似性的有效结合，真实全面细致地捕捉、勾勒、反映藻类的形态特征。侦测未知藻细胞的轮廓、提取特征信息、大数据匹配，从几万张图库中找出形态最相近的一组藻类，同时优先展现常见藻类，极大地提高了藻细胞搜索的速度和精度。



易混淆藻鉴别

使用者可以选择形态相似的藻属，在同一界面上展开快速比较，通过典型的组合特征图、概要性文字，迅速掌握各属之间的区别要点，指导用户从差异化的细节特征重点观察判断，对藻类进行辅助鉴定。



形态学检索

“典型组合联想”形态学检索根据光学显微镜下能够分辨的细胞特征，如形态、大小、突起或棘刺、鞭毛、表面纹路、数量和排列等进行快速图形搜索，把形态相似的藻类汇总并分类排列。通过数据库中的藻类显微照片、手绘图和文字叙述进行快速比对鉴定。



动态自动计数

包含七种图像分割算法，实现对纯培养单细胞藻类与部分水华或赤潮单细胞藻类的自动计数。



胶被群体分析

针对于微囊藻等含有胶被结构的藻类。该类藻由于内部包含的细胞数量很多，人工计数十分困难。胶被群体分析功能具有自动统计分析内部包含细胞数的功能，软件算法先自动分割出细胞胶被的轮廓，再选择其中的典型细胞为基本单位，即可计算出其中所含藻个数，方便进行藻种的统计与分析。