污水的处理效果主要取决于水中的微生物。原生动物能用来改善水质、评价和指示污水厂的运行和处理效果。根据原生动物的生物特征及其在不同环境条件下的种属、数量、活性等表现，通过其组成和数量的分析，可以迅速为活性污泥工艺提供有益的指示信息，从而指导污水厂的生产运行。

  杭州迅数科技有限公司的M500多功能生物监测仪中的全自动菌落计数分析软件、显微图像分析系统软件、藻类智能鉴定计数软件和浮游动物计数软件能够很好的帮助完成针对上述污水处理中细菌、藻类、原生动物、轮虫、甲壳纲动物、虫类等的观察和计数以及检测以及监测工作。