全自动菌落计数仪因其使用的自动化程度高、分析结果可核对、样品信息可留存等，已逐渐被越来越多的科研院所、卫生疾控部分所喜爱。现今面市的所有全自动菌落计数仪均是采用成像分析法实现自动计数的，即由成像硬件+分析软件所组成，这二块内容的任何一块上出现失分，都会严重影响计数分析结果的稳定性。
 

　　全自动菌落计数仪的成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。成像硬件有拍照成像、扫描成像。由CMOS加摄像头拍照成像的优点是：成像速度快，能展现培养基表层和深层的细微菌落。确保在0.5秒内获得菌落图像。由单反相机、卡片机拍照成像的优点是：能自动对焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的时间。拍照成像的难题是：因光照面到平皿中部与其边部的距离远近不同，导致平皿面上各点的亮度不一致。因此，需由软件来自动矫正。需指出的是：暗视野仅是成像的一种方式，其现象是目标呈悬浮状态，早在几十年就已经出现了。
 

　　全自动菌落计数仪的分析软件是全自动菌落计数仪的另一块核心成分。因为菌落生物的存在多样性，在培养基上的表现或显像不可能大体一致，针对这类变化，在分析软件选型上要考虑以下几方面：
 

　　1.菌落智能识别技术(能自学习以形成一键式操作的，更好)、粘连菌落分割、菌落形态学分析、区域选择统计、直径分类统计、鼠标单击计数、颜色识别统计、人工计数修正、排除污染区域计数、自动换算功能、自动杂质剔除；
 

　　2.自动分析菌落直径、面积等精确测量长度、角度、面积等测量功能；
 

　　3.数据自动存储、查询、Excel导出报表打印等；
 

　　4.抑菌圈测量、纸片法药敏分析、多培养皿分析、螺旋平皿分析。