全自动菌落计数仪的应用越来越广泛，在使用前需要对其有一定的了解。全自动菌落计数仪有自动化程度高、分析结果可核对、样品信息可留存等的特点，广泛应用于科研院所、卫生疾控部门。
　　全自动菌落计数仪的算法应用如下：
　　1) 自动检测：基于抑菌圈轮廓的边缘检测，适合边缘清晰、标准圆形抑菌圈；
　　2) 拟圆逼近：基于抑菌圈轮廓的圆形拟合逼近，适合边缘破裂、非标准圆形抑菌圈；
　　3) 人工检测：鼠标点击抑菌圈边缘上三点成圆，适合边缘模糊的抑菌圈。
　　全自动菌落计数仪的使用注意事项：
　　在使用中，需要避免仪器被强烈振动，并远离液体、水等导电体。需要保证摄像头镜头，以及放平皿的圆形玻璃片上干净无尘。必要时，用擦镜纸或麂皮轻柔擦拭。每次使用完毕后，需要给仪器套上防尘罩。另外，用略强磁铁吸附在本菌落计数仪灯箱侧面的挡光板，是为了避免强光直射而设计的，您需要根据现场的光线情况来决定是否要加，以及其摆放的位置。系统具有自学习功能，平时做计数操作时，要注意保存好其学习获得的各项参数，以便日后遇到同类菌落可以被调出来重用。