全自动菌落计数仪主要是利用图像采集器采集图像，通过计算机对图像进行分析，自动计数和测量细菌在固体培养基上生长而形成的肉眼可见的菌落或菌斑。广泛应用于食品和饮料中的品质和卫生检验、水质分析、乳及乳制品的检测、医院临床检验、化妆品检验、环保监测和药品的品质与质量检测等。随着运用日益频繁，用户对于全自动菌落计数仪的准确性也越来越。近年来全自动菌落计数仪的发展具体体现在下面几个方面： 
    1、成像方面，传统的手动菌落计数器，使用的是放大镜，一般可放大1.7倍到3倍。现在使用的菌落计数器已经具有了图片拍摄功能，而且CCD的 规格越来越高，现在市场上销售的仪器所配置的CCD规格是300万到1000万像素不等，分辨率也从原来的0.08mm增强到了现在的0.01mm，图像 清晰度大大提高。另外应基层微生物实验室的使用需求，还增加了图像特性获取功能。 
    2、图像处理功能，具有图像调节，图像增强，图像滤波，边缘检测，形态学运算等，这些都是传统的菌落计数器所没有的。 
    3、在统计功能方面，不再局限于传统的数量统计。现在市场上出现的全自动菌落计数器，已经增加了一些智能识别技术，可全皿菌落统计，区域选择统 计，鼠标点击统计，排污区域计数，直径分类统计，颜色识别统计等。更先进的全自动菌落计数器还带有自动杂质剔除，菌落粘连分割大肠杆菌技术等等。
    4、测量功能和抑菌圈自动测量方面也是原来的菌落计数器所没有，更有先进的仪器已经具有了药敏分析功能。不过，这种菌落计数器多用在微生物实验室等数据要求较高的领域，价格也不便宜，市场价多在8，9万左右。 
    5、在数据库的处理方面，较传统的菌落计数器，增加了数据存储，智能查询，数据导出等，有的还可以设置操作者使用权限，数据修改权限设置等，使测量的数据更加安全。同时，还可以在线编辑，报表打印。